ورغم البرنامج الوطني الذي اعلنه السلطان فيصل ومواجهته الخارجيه مع بريطانيا كان عليه مواجهة احد اخطر التحديات ضد حكمه فقد قامت مجموعه من القبايل المناصره لنظام الامامه بقيادة الشبخ صالح بن علي الحارثي بعصيان استنفر كل عمان اثر نقض الشيخ صالح الحارثي للصلح مع السلطان وفسخ بيعته له وبدأ العصيان حين دخل الشيخ صالح الحارثي وادي دناء والطائيين عام 1894م .
وما لبث ان ارسل ابنه عبدالله بن صالح الحارثي ال نزوى لجمع تأييد القبايل ثم يزور عبدالله السلطان فيصل في مسقط فيستقبله بالاكرام فلما كان الليل حاول عبدالله القيام بانقلاب في وقعة مسقط حيث اخرج السلطان منها واعلن رغبته في ان يكون السلطان حمد بن ثويني سلطان زنحبار في ذلك الوقت ايضا سلطانا لعمان او احد ابناء الامام عزان بن قيس البوسعيدي