تدرّب على شؤون الحُكم في حياة أبيه السيد سعيد بن سلطان إذ كان ينوب عنه في حُكْمِ مسقط أثناء وجود السلطان سعيد في زنجبار؛ منذ عام

1833م.

حكم السلطان ثويني من 1856 إلى  1866م، وذلك بعد وفاة والده ونشوب النزاع بينه وأخيه السلطان ماجد في زنجبار، فتدخلت بريطانيا وصدر

تحكيم كانينج Canning Arbitration بتقسيم الإمبراطورية العمانية بحيث يكون ثويني بن سعيد سلطانا لعمان وتوابعها وماجد بن سعيد

سلطانا لزنجبار وملحقاتها.

سعى السلطان ثويني إلى القضاء على الصراعات الداخلية، والقلاقل الخارجية ومنها مشكلة بندر عباس الذي كان تحت سيطرة الحكم العُماني؛

فانتهى الأمر بعقد معاهدة مع الحاكم الفارسي أنهت السلطة العُمانية على البندر.

ولابن رزيق ديوان مفرد فيه، سمّاه “السلك الفريد في مدح السيد الحميد ثويني بن سعيد”.

قُتِل على يد ابنه سالم بن ثويني يوم 27 رمضان 1282هـ.